本分局置分局長一名綜理本分局勤、業務、副分局長二名襄助分局長處理本分局勤、業務，另置一、二、三、四、五組、勤務指揮中心、偵查隊、警備隊、交通小隊；並下設北港派出所、北辰派出所、好收派出所、水林分駐所、土厝派出所、宏仁派出所、蔦松派出所、口湖分駐所、椬梧派出所、金湖派出所、下崙派出所、交通小隊。
為因應警力不足及地方治安需求之狀況，另考量各所警力單薄處理民眾報案之安全顧慮，辦理水林分駐所、土厝派出所實施聯合執勤工作。
